《中華人民共和國環境保護稅法》是在排污費的基礎上通過“稅負平移”所得到的，與排污費相比，其突出了稅法的強制性和無償性，具有更強的法律效力，執法更具規范性，但在征收主體、納稅主體、征收范圍、征收管理等方面還存在著一些問題，有待進一步細化完善。一是環境稅的征收主體為稅務機關，而生態環境部門負責對污染物進行監測管理，主體責任不明確，導致稅務部門在面對具體的污染行為時，缺乏有效的技術支持。二是環境稅的納稅人是直接向環境排放應稅污染物的企業事業單位和其他生產經營者，由此不難推出，不直接向環境排放污染物的以及自然人排放污染物的，都無須承擔繳納環境保護稅的義務。三是即便在工業源污染物方面，應稅污染物僅包括大氣、水、固體廢物和噪聲四種污染物，只是平移了排污費的污染物范圍，其他諸如二氧化碳等污染物并未計入征收范圍。且環境稅的稅率較低，導致繳納環境保護稅比控制生產、
節能減排的成本更低，未能真正約束企業合法合規排污。四是一些涉及環境保護的稅收優惠政策盡管種類多，但內容復雜、不易掌握。僅企業所得稅優惠就包括稅前扣除、減免和減半征收等形式，每項優惠措施的對象和適用情形都不同，容易導致企業所得稅抵扣鏈條斷裂、征管漏洞增多和成本增加等問題。一些需要長期執行的優惠政策沒有在稅法中明確列出，只是以部門規章或者臨時性的政策規定方式出臺，并且缺乏實施力強的詳細細則，更增加了企業繳納和稅收部門征收的難度。
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