環保稅取之環保應該用之環保，這是征收環保稅的關鍵所在。如果政府把收到的環保稅不用于治理環境及支持、鼓勵、補貼企業開發環保技術、實施環保項目等，那么，這樣的征收就失去了意義，只能讓一些地方為了自身利益而亂收費，亂罰款，只能加重企業的負擔，不利于企業的轉型和長遠發展。另外，過去由環保部門“自收自管”的排污費征管模式，改為“企業申報、稅務征收、環保協同、信息共享”的環保稅征管模式后，可能會增加兩部門之間協調成本，可能會減弱環保部門的監管積極性，會導致監管成本上升，從而會使國家對企業在環保方面的支持、補貼減少。
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征收環保稅，不能對所有企業一刀切，而是應該針對企業的污染程度差別對待，而且也要有一個嚴格的標準。譬如對一個企業，不能既要收大氣污染稅，又要收噪音稅，還要收水污染稅、廢物垃圾處置稅等，搞得企業無法招架。應該根據環保部門對企業的污染總體評估后得出一個合情合理的數據，進行“打包”征收。當然，也要根據企業在環保方面投入的力度按比例給予適當的補貼，鼓勵企業開發環保技術、實施環保項目等。而不能讓“環保稅”用于其他項目。排放大氣污染物和水污染物低于排放標準的，且未超過污染物排放總量控制指標的，或者對人民生活息息相關的種養殖業，在一定期限內應該給予減免征收，防止因增加成本影響民眾的生活。（央廣網）
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