云南省廣泛分布著生態保護重點地區，有關地區在排污節流、移民搬遷、生態建設等方面，面臨著現實而突出的財政支出壓力。
為此，云南省生態功能區轉移支付采取了點面結合的方式。在統一根據生態價值分配補償資金的基礎上，對按照統一方法計算難以充分體現而又確實具有較重要生態價值、生態保護支出責任較大的地方，給予政策性補助。2014年，全省共安排補助資金3.65億元。
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在生態保護事權與支出責任尚未在各級政府之間明確劃分的背景下，為調動基層政府用自身財力加大生態文明建設力度的積極性，云南省級財政建立了對各地自身財力投入的獎補機制。2014年，安排獎補資金0.5億元，根據各地用自身財力進行環境保護投入的實際規模進行分配，并對財力困難的地方進一步加大獎勵力度。 禸嫆@唻洎：狆國湠棑倣茭昜蛧 τāńｐāīｆāńɡ.ｃōｍ
為進一步加強和規范生態功能區轉移支付資金使用，確保轉移支付資金重點用于生態建設和環境保護，云南省財政廳會同省環保廳等部門，積極研究建立符合省情的縣域生態環境質量評價考核體系，大力推動實施全省環境監測能力標準化建設。目前，已實現了對全省16個州市、129個縣（市、區）全覆蓋的生態環境質量的年度動態監測、評價和考核。 夲呅內傛萊源?。骇鎲┨?排*放^鮫*易-網 τā ńｐāīｆāńɡ.ｃōｍ
從2013年起，云南省每年公布全省各地評估考核結果，根據評估結果采取相應的資金獎懲措施，并在資金下達時通報考核和資金獎懲情況。對生態環境變好的縣，適當增加生態價值補助資金作為獎勵；對因非不可控因素導致生態環境惡化的縣，扣減生態價值補助資金以示懲罰。其中，對年度間生態環境“一般變差”、“輕微變差”的縣，分別按當年測算生態價值補助資金量的70%、40%扣減轉移支付。
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2014年度，云南省對生態環境質量年度間變差的12個縣扣減生態補償資金共1.11億元，對生態環境質量年度間變好的44個縣給予生態補償獎勵共0.7億元，并將考核獎懲原因和結果在全省進行通報。
2015年5月，云南省環保廳、省財政廳聯合制定印發《云南省縣域生態環境質量監測評價與考核辦法（試行）》，為進一步規范全省縣域生態環境質量監測和財政轉移支付提供了政策依據。
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